メガトン級ムサシ 第2期

イクシア浮上時の戦闘で墜落したドラクター母艦の元へ向かうため、アーシェムは峡谷集落ソロンを訪れる。一方、星刻学園では学園を牛耳る支配者の噂が広まっていた。記憶にない人物に不信感を抱いた大和、ジュン、雨宮の3人は、その正体を探るため動き出す。

シェルターエディシアの廃墟に、炎の球を操る異星人機体が出現。未知の攻撃に大和たちは劣勢に追い込まれる。また、ヴィクトと共に行動するアーシェムは、赤地病に侵されながらも地上で強く生きる人々との交流を通じ、他の星に侵攻した罪の重さを再認識する。

イクシアがセカンドジャンプの準備を進める中、九世は大義のためランドアイへと侵入する。そのことをいち早く知った輝と雨宮は、強引な作戦を決行するのだった。一方ジュンは、自分の体にある異変が起きていることを萌々香に打ち明ける。

マーガレットの判断で行先を変更したイクシア。時を同じくしてアーシェムは、かつて自分を殺そうとした母クロウゼードと再会する。そんな中、アーシェム確保を目論むユグラとミーシスの機体が迫り、大和たちはヴィクトと共に立ち向かう。

地上の住人の移動が始まる一方、グリファースは集落への攻撃を命じた。アーシェムを戦火に巻き込まないため捜索を急ぐユグラは、ヴィクトと対峙する。そんな中ドラクターによる攻撃が始まり、町は炎に包まれ、住人たちは混乱に陥るのだった…。

大和の調査を命じられたユグラとミーシスはイクシアに潜入することに。その頃、ブルーコートではヴォルトラインにあるドラクターの要塞の攻略について議論が進んでいた。康太たちランドアイスタッフは、攻略の糸口となる作戦を発表する。

アーシェムたち一行は、地上に取り残されたシドル兵たちが作った村に到着する。そこでは、司令官も兵士も関係なく互いを助け合い生活していた。一方、雨宮は悩んでいる様子のジュンを案じ、ある場所を訪れる。

要塞攻略戦を前に、イクシアのパイロットやクルーたちは大きな戦いに向けてそれぞれの時間を過ごしていた。そんな中、ユグラとミーシスにミライの存在を知られてしまう。危険を察知した輝は、ミライを研究室から連れ出すが…。

ドラクター要塞の攻略戦が幕を開け、おびただしい数の敵に対して総力戦の侵攻が始まる。作戦やパイロットたちの機転により、一進一退の戦いを繰り広げる大和たち。しかし、そんな中ドラクター側の思いがけぬ策が待ち受けていた。

さまざまな声が挙がる中、アーシェムとマーガレットは、地球とシドルが進むべき新たな道を提案する。東郷門では、互いの交流を深めるための祭りが開催され、ひさしぶりに再会したアーシェムと大和は2人きりの時間を過ごしていたが…。

イクシアが目指していた目的地に到着し、中を案内される一同。そこは地球のテクノロジーを結集して作られた広大な基地だった。その一方で、マーガレットは司令官のディクセンベルグに案内され、ある場所へと向かう。

ディクセンベルグは目的を果たすため、マーガレットと共に宇宙へと飛び立つ。ハルマ博士とその助手によって操船ブリッジに招集されたランドアイスタッフたちは、マーガレットを追って戦艦を発進させるのだった。

宇宙での激戦が繰り広げられる中、大和たちは敵の攻撃を止めるため危険を冒して攻め込む。行く手を阻むヨシツネとムサシクロスが戦う一方、シドルゴアではグリファースがベローアと対峙していた。

味方の攻撃により道が切り開かれ、目的地に向かおうとするムサシクロスをヨシツネの猛攻が襲う。思わぬ助けもあり、追撃をかわして突き進む大和たち。星の運命を懸けた戦いは大きく動こうとしていた…。

宇宙での決戦の後、地上では新たな計画が進んでいた。そんな中、シドルを滅ぼしたエルゼドの脅威が迫る。圧倒的な力を持つエルゼドに対抗するため、宇宙で新たな力が目覚めつつあった。