トモちゃんは女の子！

春、桜の舞い散る通学路。相沢智（トモ）は高校入学と同時に、想いを寄せる幼なじみの久保田淳一郎に愛の告白をする。しかし、トモのことを「親友」としか見ていない淳一郎には、その想いは全く伝わらない。
一世一代の告白が失敗に終わり、気を落とすトモはもう一人の幼なじみ・群堂みすずにアドバイスを求める。すると、みすずの口から思いも寄らないアドバイスが飛び出すのだった――。

トモのクラスメイトでイギリス人のキャロル・オールストンは、人形のような容姿と綿あめのようにふわふわとした天然な性格で、学園中の男子から絶大な人気を誇っている。
しかし彼女は空手部でトモの先輩である御崎光助の許嫁であり、先輩と仲のいいトモに対して敵意を示してくるのであった。キャロルはみすずの助言もあり、トモを倒すべく淳一郎に特訓を受けることに。その話を聞いたトモが現場に駆けつけると――。

淳一郎とみすずが中学時代に付き合っていたことを知ったトモは、その衝撃の事実に取り乱す。そしてそんなトモに問い詰められたみすずは、淳一郎と付き合ってたった3日で別れた話を打ち明けるのだった。
一方、トモと仲がいい御崎を女子だと思い油断していた淳一郎は、初対面で男子である事実を知り威嚇する。放課後、バス停で思いがけず遭遇するふたり。しかし淳一郎は御崎と話しているうちに、ついトモへの想いを語ってしまう…。

クラスの女子が戯れるのを見て羨むトモ。みすずに熱烈にスキンシップをアプローチするが断固拒否される。仕方なくトモは小川や三船に手当たり次第に抱きついていくのだった。
念願の女子っぽい戯れにトモが満足する一方、みすずは何だかいつもと様子が違うようで――。みすずの異変に気づいたトモは、キャロルと一緒に手がかりを探す。

キャロルに誘われ、オールストン家に遊びにきたトモとみすず。しかし辿り着いた先は柵が果てしなく続く豪邸だった。
後日、中間テストに向けてトモとキャロルはみすずの家で勉強会をすることに。そこでキャロルは思いがけない才能を発揮する。
テストを何とか乗り越え、淳一郎にゲーム合宿に誘われるトモ。何も考えずに快諾してしまい、気づけば淳一郎の家にお泊まりすることに。夜、淳一郎の家についたトモは両親の不在を告げられる――。

誕生日を迎えたトモは淳一郎やみすず、キャロルから思いもよらないプレゼントを次々と贈られる。さらにみすずからはお祝いとして、次の休日にトモを女の子らしく変身させることを提案するのであった。
みすずとキャロルから化粧をされ、着なれない女の子らしい服を着せられたトモは、そのままの姿で買い出しをお願いされることに。恥ずかしさのあまり早く買い物を済ませようとするトモは、よりによって淳一郎と遭遇する――。

夏、青空の広がる海へ遊びにやってきたトモたち。
淳一郎と近づくこの絶好のチャンスを生かすべき――と、みすずとキャロルのアドバイスの下、一緒に買った水着に着替えたトモだが、恥ずかしさのあまりパーカーを脱ぐこともできない。
しかし、遊んでいるうちに、水着を着ていることを忘れたトモは思い切りはしゃぐのだった。そんなトモに触れられた淳一郎は身動きが取れなくなる――。

夏休みが終わりに近づいた頃、みすずとキャロルはトモの部屋へ泊まりに行くことに。王様ゲームで王を引いたみすずが出す命令は、トモが淳一郎と二人きりで花火大会に行くことだった。
トモの誘いに対していつもより落ち着いたテンションで答える淳一郎の意外な反応に戸惑うトモ。
そしてやってきた花火大会当日、満点の星空に打ちあがる花火の下、トモは淳一郎にもう一度自分の想いを伝えようとする――。

廃工場での出来事を受け、自分の弱さを痛感した御崎はキャロルを守るための強さを求め、トモの実家の相沢道場に入門する。しかし初日から御崎を待ち受けていたのは地獄のような稽古メニューと淳一郎という初戦相手だった…。
一方、御崎が相沢道場へ入門したことを知ったキャロルは自分のためだとはつゆ知らず、当てつけに淳一郎をデートに誘う。やむを得ず付き合う淳一郎だが、気がつくとキャロルは淳一郎の部屋まで入ってきてしまう――。

上野水高校の全校生徒が一堂に会すマラソン大会。全くやる気がないみすずとキャロルの反面、トモと淳一郎は久しぶりの勝負に胸を躍らせる。そして、みすずに熱烈なアピールをするも無視され続ける田辺。
スタートから独走状態のトモと淳一郎だが、淳一郎はなかなかトモを追い抜くことができない。二人が勝負の火花を散らすなか、女子の折り返し地点が目の前に迫る。果たして、勝敗の行方は――。

淳一郎の誕生日が近づき、プレゼントを買うお金を貯めたいトモは田辺の提案で、みすずやキャロルとともに田辺の実家のラーメン屋でアルバイトをすることに。開店早々、トモは慣れない作業に焦るなか、淳一郎が来店する――。
あくる日、文化祭の出し物の劇「シンデレラ」に向けクラスの皆で配役することに。トモは成り行きで王子役を、病欠のみすずはキャロルの推薦で勝手にシンデレラ役に決められてしまう――。

トモのことを女子として意識し始めたが、文化祭では相変わらずトモとゲームで競い合ってしまう淳一郎。しかし後夜祭で、トモをダンスに誘うと、つい告白まがいなことを口にしてしまう。それを受けたトモは思わず淳一郎を突き放しその場から逃げ出してしまうのだった。
やがて冬。逃げ続けるトモに全く打つ手がない淳一郎は御崎にアドバイスを求める。そして自らの過去にけじめをつけるべく、淳一郎はみすずのもとを訪ねる――。

ようやく両想いになり、毎日がラブラブのトモと淳一郎。しかし、時にテンパるトモは余裕がありすぎる淳一郎に苛立つ。久しぶりにみすずとキャロルに相談したところ、クリスマスの日に淳一郎とキスシーンのある映画を見に行くことをおすすめされる。
当日。みすずに言われた通り、映画のキスシーンで淳一郎の手に自分の手を重ねようとするトモだが、思いがけず映画内のキスシーンは盛り上がっていき――。