ルパン三世 ルパンVS複製人間（クローン）

ある日、一人の男が処刑された。その男が「ルパン三世」であることは、鑑識の結果、事実だった。だが、その事実を信じようとしない男がいた。警部である、その男・銭形は、狂気に取り付かれたかの様な勢いでルパンが埋葬されているドラキュラ城へ車で行き、「物事には、限りってものがあるんだ」とルパンの遺体に自らの手でとどめを刺そうとするが、遺体は爆発してしまう。その時、爆発の衝撃で引っくり返った銭形の目の前には、先ほど爆発したはずのルパン本人が現れる。そのルパンの言葉によると処刑されたのは偽者であるらしく、銭形はとりあえずと言わんばかりにルパンを逮捕しようとするも、逃げられてしまう。

自分が本物か迷いつつもルパンは不二子の依頼を受け新たな仕事へ出発。次元と共にエジプトにあるピラミッドから「ある石」を盗み出した。その石は、人間に永遠の生命を与えるとの言い伝えがある「賢者の石」と呼ばれるものだった。

その頃、不二子はとある男の用意した部屋にて裸で寝ていた。起床を促す声で渋々寝起きのシャワーを浴び惜しげもなく裸体を晒す不二子、まるで乳房を見せつけるかようなスタイルで入浴していた目的は声の発生源を見つけ出す事であった。乳首を見せてまでたどり着いた発生源はフェイクであり、不二子は男の正体に未だたどり着けずにいた。それすらも想定の範囲内であるかのように微笑んだ不二子は裸体のままバイクスーツを装着、ルパンの元へと走り出す。

賢者の石を持ってきたルパンに対し、不二子はいつにも増す形で冷淡な態度で応対し、ルパンの隙を突いて硬化ガスを吹き付けて賢者の石を持ち去ってしまった。そんな不二子もまたある人物に依頼されていたが、「マモー」と名乗る依頼主は、ルパンを使って不老不死に関する品物を集めていた。しかし、ルパンは盗聴器付の偽物を渡したため、マモーに狙われる。

不二子はマモーの手を逃れてルパンの前に現れて助けを乞うが、次元と五ェ門は不二子の密告によって痛い目に遭っていたため不二子を許さない。不二子をかばうルパンに愛想をつかした2人は、ルパンのもとを去ってしまう。ルパンと不二子は2人だけの一夜を過ごすことになったが、不二子はまたもルパンを欺き、麻酔薬でルパンを眠らせ、やって来たマモーの部下・フリンチに引き渡した。フリンチに捕らえられたルパンは、マモーの島でダヴィンチ、ナポレオン、毛沢東、ヒトラーなどの歴史に大きな影響を与えた人物らしき人々に出会う。彼らはマモーのクローン技術によって複製された人々だった。マモー自身も1万年前から自己を複製し続けてきた複製人間（クローン）、永遠の命を得た「神」だと自称するが、ルパンは信じない。

一方、次元と五ェ門はFBIのゴードンに拘留されてしまう。マモーはアメリカ政府をも脅迫し、医学・細胞学や生命工学の機密情報を要求していたのだ。マモーの本拠地を問い詰められるもシラを切る次元と五ェ門は、ゴードンの上司であるスタッキー大統領特別補佐官の命令により釈放され、ルパンの残したメモを元にマモーの島へ船で向かうが、船底には必死に船に掴まる銭形がいた。

そのころルパンは賢者の石と不二子を奪い、島中を逃げ回っていた。そこへ助けに来た次元の手によってマモーは射殺され、五ェ門によってフリンチは斬られ、ルパンたちは逃げ出すことに成功する。そして、島はアメリカ軍の空爆によって葬られた。空爆を命じたスタッキーは「この世で神がいるのだとすれば、それは我々だ」と言い放つ。

コロンビアの田舎町にあるホテルへやってきたルパン一行だったが、そこへ死んだはずのマモーが現れて不二子を連れ去り、処刑されたルパンはマモー自身が作ったクローン、いやあるいは処刑されたルパンが本物では…と挑発する。ルパンの「お前が神なら、奇跡を起こせ」との反発に答えるようにコロンビアの街を大地震が襲い、街は廃墟と化す。そのカラクリを見破ったルパンは、心が折れた次元の制止を振り切り、単身マモーの本拠地へ乗り込み対決の時を迎える。マモーは本拠地で核ミサイルのボタンを押してアメリカ政府を挑発するが、ルパンの工作により核ミサイルはその場で爆発し、マモーの本拠地は崩壊。戦いの末、自らのクローンを失ったマモーはロケットで宇宙に逃げようとするが、ルパンに阻まれ、遂に最期となる。

マモーとの対決が終わり、ルパンを追って来た銭形の前で、ルパンが不二子にキスをしながら服をめくり乳首を押した瞬間、全ての秘密を揉み消すため各国からマモーの秘密基地へミサイルが発射される。不二子は次元に救出され、残されたルパンと銭形は手を取りあって逃げ出すのであった。

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